i foraminiferi

martedì 17 maggio 2022

Bad” Prokaryotes and “good” Prokaryotes

 


Prokaryotes are single-celled organisms lacking a membrane-bounded nucleus (karyon), mitochondria, or any other membranous organelle.


            Prokaryotes are so many that the number of prokaryotic cells in the world is absolutely larger than that of eukaryotic cells!

            Even in each of us, human beings, there are much more prokaryotic than eukaryotic cells!

Very likely you are thinking now: 

but prokaryotes are bacteria, the microorganisms causing so many diseases. So they are dangerous and we have to fight them and possibly eliminate them!!!!

Yes, you are right: among prokaryotes there are many pathogenic bacteria. However these “bad” prokaryotes are only a part of the prokaryotes at present we know.
 A great many of them are not dangerous and, in many cases, are even essential for our life:

they are “good” prokaryotes!!!

They work for us!!!!!!!


    1)   Prokaryotes were the first living beings and the life on our earth, in the present form and biodiversity, would have not arisen and would not exist without them (see the post “the first atmospheric pollution).


    2)    Biogeochemical cycles and nutrient recycling would be unfinished or even impossible without prokaryotes. Remember that production in the open sea is only performed by microorganisms, a great part of them Prokaryotes. Thus they play an important role in supporting the life of all marine organisms.  (See the post “Nature big recycler”)

    3)   Prokaryotes are able to use as energetic source elements and substances that cannot be utilized by other living beings and render them accessible. In some environments, where the sun light cannot arrive (i.e. deep sea or underground) and where obviously photosynthesis is not possible, prokaryotes sustain the life trough different chemiosynthetic processes.


     4)   Prokaryotes can survive in extreme environments where eukaryotes would succumb: they can be found in hot water up to  121°C  and in cold lakes under kilometers of ice in Antarctica.  They are able to live in extremely acid or basic environments. In addition  all natural products and,  thankfully, many man productions can be degraded and recycled by bacteria.


     5)   Many so called superior organisms, man included, would not survive for a long time without their endosymbiotic bacteria, for example the so called intestinal flora.

These few considerations are less than crumbs of knowledge about the wide Prokaryotic world!!!

and….consider that, according to the scientists, prokaryotes we know represent only a little part of those existing in the earth!!!!!!

sabato 2 aprile 2022

BIOTECNOLOGIE: DOVE CI PORTERANNO?

 

Biotecnologia" indica qualsiasi applicazione tecnologica che utilizza sistemi biologici, organismi viventi o loro derivati, per realizzare o modificare prodotti o processi per un uso specifico.

 

Da quando l’uomo si è abituato alla vita stanziale ha cominciato ad adattare la natura alle sue esigenze. Per esempio coltivatori ed allevatori hanno fin dall’antichità applicato la selezione artificiale di piante e animali. In un certo senso con la selezione artificiale non ci si oppone alla evoluzione basata sulla selezione naturale, ma  si collabora con essa.  Spesso però l’uomo usa dei criteri suoi, indipendenti dal rapporto delle specie con l’ambiente e delle specie tra loro. Ricordo che mi colpì, quando ho iniziato a studiare genetica, l’esempio delle pecore dalle zampe corte. Si trattava di una particolare razza di pecore inglese che, una volta importata in Australia, è stata selezionata in modo preferenziale: la maggior parte delle pecore australiane ancora oggi appartengono a questa razza (FIG.). Probabilmente era utile per i proprietari degli enormi allevamenti australiani disporre di pecore con le zampe corte perché tali pecore non erano in grado di saltare i recinti. Però, con selezioni massicce come queste, si riduce la biodiversità che è importante per l’adattamento delle specie  alla mutevolezza dell’ambiente.

Ho pensato a queste povere pecore quando l’estate scorsa le praterie australiane sono state devastate dagli incendi: pecore con zampe più lunghe avrebbero forse potuto trovare scampo!!




 Lo sviluppo della scienza nell’ultimo secolo ha proceduto in modo vertiginoso specialmente grazie alla scoperta del DNA,  alla sua sempre maggiore conoscenza, alla possibilità di sequenziarlo, addirittura modificarlo e costruirlo sinteticamente. Si sono così aperte possibilità enormi applicabili a vari aspetti della vita.

Essendo una naturalista e non un medico il primo problema su cui mi sono trovata a ragionare è quello degli OGM.

Per OGM  (Organismi Geneticamente Modificati) si intendono tutti quegli organismi viventi i cui DNA, tramite operazioni di ingegneria genetica, hanno subito variazioni.  

La tecnica OGM viene essenzialmente impiegata per gli esseri viventi vegetali, a scopo alimentare e industriale.

La loro introduzione risale ai primi anni 80 del secolo scorso e fin dall’inizio ha destato grande curiosità, ma anche notevoli critiche e dubbi. I più forti dubbi derivavano dalle non prevedibili conseguenze che l’ingerenza di prodotti alimentari geneticamente modificati potrebbe avere nel nostro corpo,.  In quell’epoca ho  partecipato a vari dibattiti e la domanda prevalente era sempre questa “Fanno male alla salute?”.  Ormai, dopo 40 anni, gli scienziati sembrano tutti d’accordo che gli OGM non comportano rischi per la salute umana e animale, mentre portano numerosi vantaggi come la riduzione dei tempi di crescita dei raccolti e la riduzione dell’uso di pesticidi.

Questo ci insegna che un rifiuto a priori dell’introduzione di novità biotecniche non è un atteggiamento corretto. Ma la richiesta della massima cautela possibile è fondamentale.

In effetti, come naturalista, continuo ad avere qualche riserva per quanto riguarda l’effetto degli OGM sull’ambiente. Tutto in natura è strettamente correlato. La creazione di organismi con caratteristiche genetiche nuove, decise a tavolino, ancora più della selezione artificiale di cui parlavamo prima, può  alterare i naturali processi di selezione, che si basano sulla sopravvivenza dei genomi più adatti in un determinato ambiente in un determinato momento, comportando così notevoli rischi, come la perdita di biodiversità.

 Ma c’è un altro aspetto di cui bisogna tener conto: quello del profitto. La multinazionale Monsanto, la prima ad introdurre OGM, ha fatto affari d’oro con i brevetti su ogni OGM che ha prodotto diventando in effetti proprietaria di organismi viventi, che lei sola poteva produrre. Ad esempio produceva un mais modificato capace di resistere agli erbicidi, Ma non a tutti gli erbicidi bensì a quelli da essa stessa prodotti. Così gli agricoltori oltre al mais dovevano acquistare dalla stessa ditta anche l’erbicida.

  Le multinazionali si sarebbero spinte anche oltre progettando di  produrre  piante con semi sterili  - come il cosiddetto  “Terminator” (fig.) . Leggendo i documenti di costituzione di Terminator, si apprende che questa tecnologia sarebbe stata impiegata (sic) per tutelare le multinazionali dai contadini furbetti che utilizzavano i semi brevettati senza pagare i giusti diritti. Fortunatamente la pressione dell’opinione pubblica ha impedito che questa tecnica fosse utilizzata.. Dall’epoca della  introduzione degli OGM la scienza e, di conseguenza, le biotecnologie hanno avuto un enorme sviluppo.

Da quando è stato sequenziato il genoma umano è possibile applicare le tecniche di biologia molecolare, spesso chiamate anche di ingegneria genetica, direttamente all’uomo. Ovviamente in questo caso il controllo deve essere ancora più stringente.

 

 Tra le applicazioni più promettenti c’è la possibilità di curare malattie dovute a geni malfunzionanti. L’idea sembra semplice: se una patologia dipende da un gene difettoso si può ricorrere alla terapia genica sostitutiva, che consiste nell’inserzione di un gene sano all'interno delle cellule per sostituire quello alterato.  I geni sono segmenti di DNA  che forniscono il codice per costruire ciascuno una determinata proteina e possono ormai essere prodotti sinteticamente. Ma il problema era: come introdurli nelle cellule malate e fare in modo che, una volta introdotti, si integrino con il DNA cellulare nella giusta posizione ?

E sapete da cosa è venuta la soluzione?  Proprio dai virus.

Si può proprio dire che non tutti i virus vengono per nuocere!

 

 

Forse questa affermazione è difficile da accettare proprio  in questi  anni in cui il  famigerato Sars-Cov2  che provoca il COVID (coronavirus  desease), esso si venuto per nuocere, ha sconvolto le nostre vite! .

Ma forse vale la pena a questo punto di ricordare  cosa sono i virus.

 Sono entità, non si possono definire organismi perché non sono in grado di riprodursi da soli, strutturalmente molto semplici costitute da un involucro proteico contenente una molecola di DNA o RNA. Quello che mi ha sempre colpito nei miei studi è il fatto che tutto quello che inventa l’uomo in qualche modo lo ha già realizzato la natura. Infatti i virus, nella loro semplicità, sono dei veri e propri bioingegneri che per risolvere i loro problemi modificano il DNA degli organismi.  

Così alcuni virus innocui vengono equipaggiati col gene corretto di una certa malattia, rendendoli così capaci di  far produrre alle cellule dell’organismo le sostanze mancanti. Buoni risultati sono stati ottenuti ad esempio per l’emofilia di tipo B dovuta alla mancanza di fattori di coagulazione.

Gli stessi vaccini che si stanno utilizzando contro il covid sono basati su tecniche di ingegneria genetica.  Il vaccino AstraZeneca è proprio un vaccino a vettore virale. Infatti sfrutta un altro virus, non dannoso, a sua volta geneticamente modificato, per fornire alle cellule del sangue le istruzioni necessarie per sintetizzare la proteina spike, cioè la proteina che serve al SARS-CoV-2 per introdurre il suo DNA nelle cellule bersaglio. Una volta prodotta, la proteina può stimolare una risposta immunitaria specifica. 

 


Il vaccino Pfyzer sfrutta invece un’altra tecnica, quella della biologia sintetica. Infatti e’ un RNA messaggero prodotto sinteticamente, molecola piccola racchiusa in un piccolo lisosoma ( vesciola di membrana lipidica) facilmente assorbita nel citoplasma delle cellule del sangue, che trasmette loro l’istruzione per produrre la proteina Spike.

 

Ma non è escluso che le stesse tecniche potrebbero essere usate in negativo ad esempio per introdurre malattie letali.

Del resto non sempre c’è bisogno di tecniche sofisticate per usare materiale biologico come arma di offesa!!!

Si può citare ad esempio quanto avvenuto nel  1345 durante l’assedio della città genovese di Caffa da parte di truppe i mongole. Quando gli assedianti cominciarono ad ammalarsi di Peste nera, per risolvere rapidamente il conflitto, pensarono di tirare con una catapulta i cadaveri infetti all'interno delle mura. I mongoli furono costretti ugualmente a ritirarsi ma da questo tentativo di antesignana guerra batteriologica si scatenò il più terribile contagio di peste, in tutta Europa.


 Certo le attuali conoscenze conferiscono agli scienziati ben altre possibilità !

 Siamo ormai al tempo della biologia sintetica.

Nel 2008, Craig Venter, lo scienziato miliardario americano che si è organizzato un laboratorio personale,  e i suoi colleghi crearono un genoma sintetico completo a partire dal genoma di un batterio. Due anni più tardi, lo stesso team riuscì a far riprodurre una copia di questo genoma sintetico in un altro batterio, creando quindi una specie nuova, una cellula sintetica come pubblicarono. Questa affermazione “cellula sintetica” secondo me però non è esatta perché le attività codificate dal genoma sintetico vengono svolte da un citoplasma naturale. Quindi si può creare artificialmente il DNA che è una molecola, per quanto complessa, ma per farlo esprimere è necessaria tutta la complessa macchina cellulare.

 Comunque le possibilità aperte da queste tecniche sono notevoli !

Ad esempio è già stato realizzato il primo fegato sintetico. In realtà  Per ora si tratta di poco più di un abbozzo di tessuto epatico di pochi millimetri,  ma è  un passo in avanti fondamentale verso la creazione di un vero e proprio fegato artificiale che potrebbe essere usato come organo di riserva. Per sostituire un fegato malato potrebbe non essere più necessario ricorrere ai trapianti che presuppongono inevitabilmente la morte di un involontario donatore.

Le tecniche di biologia sintetica vengono utilizzate anche in campi non strettamente medici ma ad esempio per ricostruire passaggi evolutivi. 

Pensate che è stato anche sequenziato e riprodotto sinteticamente il DNA dell’uomo di Neanderthal. (fig.) Già perché una cosa stupefacente del DNA, questa molecola grazie alla quale è nata la vita, e che la vita utilizza invariata in tutti gli organismi dalle sue origini ad oggi, può riprendere la sua attività se  inserita nell’ambiente adatto anche dopo milioni di anni.

Confrontando il genoma dei sapiens con quello neandertaliano si sono evidenziate delle varianti geniche. Così è stato ottenuto e coltivato in laboratorio un cervello in miniatura con la variante di un gene dei Neanderthal nel tentativo di capire come sia avvenuta la separazione dei Sapiens.

                                           Sapiens e Neanderthal

Questa è solo una carrellata delle possibilità che le biotecnologie stanno aprendo.  La cosa importante è che gli scienziati rendano sempre pubblici i loro risultati. 

E’ poi compito della bioetica chiedersi di volta in volta cosa sia giusto e cosa sia sbagliato, cosa sia accettabile e cosa non lo sia, con onestà intellettuale e capacità di ascolto nei confronti della ragione e delle scienza

Ancora una volta va ribadito che non si devono condannare le tecniche in sè ma il loro cattivo utilizzo

 

 

 



 F

martedì 16 novembre 2021

A very special bacterium

 A very special bacterium

 Bacteria are unicellular procaryotic organisms. They are very small in size, too small to be seen with the naked eye, and have a very simple structure. In general the word “bacteria” is evocative of diseases and dangers. The fact that not all bacteria are dangerous and that, on the contrary, we could not leave without bacteria will be the subject of  an additional post. Here I want only to introduce a very special bacterium we discovered in our laboratory at Pisa University.
Like the majority of bacteria it is small (oval in shape 2 µm, that is two thousandths of millimiter in length and 1 µm in width) but possesses a complex structure and is far for being dangerous! We called this bacterium “Epixenosome”  (from the ancient Greek external alien body) because it lives on the dorsal surface of ciliated protozoa of Euplotidium genus.
Why epixenosomes are so special?
First of all because, as you can see in the picture, their structure is more complicated than that of the majority of known bacteria. Some characteristcs are more eukaryotic than prokaryotic and a  functional compartmentalization corresponds to the structural complexity,

Longitudinal section of epixenosomes (transmission electron microscope)

  Their DNA is localized in the upper region, is bound to basic proteins and,
at the electron microscope, it assumes a chromatin-like appearance. Moreover in the cytoplasm there are bundles of tubules in all  likelihood consisting of tubulin (a protein that up to now was considered only eukaryotic).  But the more astonishing structure is, in my opinion, the extrusive apparatus.
 The extrusive apparatus is a very well engineered structure.  It consists of a ribbon rolled up around a central core. In resting position it is compact, with shape and size well adapted to that of the intact epixenosome. The detection of external signals through membrane receptors starts up the extrusive process.
During the ejection  the ribbon unrolls from the inside by the slipping of the layers one into the other (like when we make a nose with streamers). Thus a tube forms which passes through the opening of the cell membrane (the first step of the ejecting process), and takes away the apical portion of the epixenosome containing  the genetic material.  At the end of the process the tube is 40 mm long,  that is 20 times the length of the organism, with a head 2mm long. The wall of the tube consists of the layers that are rolled up in the resting state but which are now extended, one after the other, with oblique overlapping thus ensuring the continuity of the tube.  At present we do not know the meaning of the ejection, which causes the dispersion of the epixenosomal DNA, for the bacterium itself.


 The tube at the end of the ejection

Euplotidium with some ejected epixenosomes
We know however that the ejection of epixenosomes is useful for the ciliate host. Indeed we experimentally demonstrated that predator ciliates do not eat Euplotidium with epixenosomes while easily eat those without. Note that Euplodidium without epixenosomes have never been found in nature: they can only been obtained in the laboratory. This means that  the presence of epixenosomes and their ejection is not vital for the host but represents an efficient defensive tool in nature. 
Other ciliates are able to escape predators by means of their own extrusomes:  ciliates of Euplotidium genus grow epixenosomes on their surface for their defence. For this reason in an american blog they have been compared to James Bond, the 007 agent able to invent different special weapons!
 



venerdì 7 maggio 2021

DINOFLAGELLATE PECULIARITIES

 

My posts on eukaryotic microorganisms  (protists) mostly concern with Ciliates the group I know better. I studied them for more than 40 years! However there are other groups worthy of mention for their notable peculiarities.

I already mentioned Flagellates  characterized by the possession of one or more flagella, which are long, tapering, hair-like appendages that act as organelles of locomotion. Among Flagellates a particularly interesting group are certainly Dinoflagellates  that are mostly part of the marine plankton, but also can be found in freshwater habitats.  They typically posses two flagella: a transverse flagellum running along an equatorial sulcus that beats to the cell's left, and a longitudinal flagellum, that beats posteriorly. Most are covered by a shell called lorica  often consisting of cellulose plates. They greatly differ from each other in shape and their size varies from 8 to 500 micrometers.




Lorica of a Dinoflagellate 



Ceratium

Many are autotrophs, i.e. they can produce its own food using light, water, carbon dioxide, or other chemicals thus, like plants, they are primary producer in the food chain.

Others are instead hetrotrophs so they need to eat.

Many of them are extremely voracious predators able to ingest very large preys. 

The species covered by a rigid lorica possess specific devices to capture and gulp down food organisms. Some  draw prey to the sulcal region of the cell (either via water currents set up by the flagella or via pseudopodial extensions) and ingest the prey through the sulcus.  Other species extrude a large feeding veil — a pseudopod called the pallium - to capture prey which is subsequently digested extracellularly  or  feed by attaching to its prey and ingesting prey cytoplasm through an extensible peduncle.



Dinophysis acuminata. Light micrographs of live cells feeding on a ciliate 

 Preys, attracted through chemical stimuli, are protists or even small  hurt metazoa. The latter can be co-digested by  a number of  predators.

Most planktonic dinoflagellates perform diurnal vertical migrations. In some cases the behaviour pattern is for the cells to migrate downwards away from the surface as the light becomes less intense and then to ascend again at the sunrise. In these migrations they  cover up to 50 meters.

Considering their size a distance corresponding to 4000 km for a human being!!!!

      The significance of this migration is understandable in autotrophic species needing light for their metabolism.

         But also a number of heterotophic species behave in the same way. Why?

The term plankton is a collective name for all marine and freshwater organisms nonmotile or too small or weak to swim against the current, existing in a drifting state. The term includes certain protists among which Dinoflagellates, bacteria, crustaceans, molluscs and coelenterates interacting in different ways; in particular prey-predators interactions influence reciprocal behaviours. Thus while small crustaceans, which are the main predators  of autotrophic or heterotrophic Dinoflagellates, migrate in the deepwaters during the day to prevent their own ingestion  from fishes and return to the surface in the night, it is possible that 
 Dinoflagellates migrate in the opposite sense to escape their engulfement.

 Anyway Dinoflagellate migration is a very important phenomenon in the planktonic ecosystem because it creates a massive biomass and nutrients shifting in the water column.

Dinoflagellates are the main eukaryotic protists that are capable of producing light. Within this group, bioluminescence is present in a number of ecologically important species, many of which like Noctiluca form blooms. When the organisms perceive the presence of a predator like for example a little crustacean, emit a flash of cold light lasting 0.1-0.5 seconds. The question is: why? Perhaps even this capacity is sophisticated defensive tool. Fishes that catch their food organisms on sight are attracted by the flash  and engulf the more visible crustacean allowing the protist to survive. 



 A bloom of a Noctiluca Dinoflagellate

Dinoflagellates are often responsible of red tides.

Red tides are common events in warm and polluted coastal oceans. They form when dinoflagellate algae explode to huge population levels. Because the dinoflagellates have red plastids, the waters literally turn redDinoflagellates take advantage of harsh environmental conditions that kill off other organisms.

Moreover they produce toxins that kill fishes or gather into filter feeding organisms such as mussels or clams and cause damage to molluscs eaters.

 


                                       
                                                                         Red tide


At present occurrence of red blooms is increasing all over the world.

The red tides in some locations appears to be entirely natural (algal blooms are a seasonal occurrence) while in others they appear to be a result of increased nutrient pollution from human activities increased temperature, alteration of ocean currents, increased  photosinthesis by elevated co2. 

Thus dinoflagellates that are under-known as fundamental planktonic components, primary producers and consumers of  the lower food chain levels, are instead infamous why in certain conditions, often caused by human beings, may became dangerous for human health.

 

Ops! I did not mentioned here that also Symbiodinium,  symbiont of coral polyps and not only, is a photosyntetic Dinoflagellate. I mentioned Symbiodinium in the post “Together we can” because their suffering, probably due to the temperature enhancement,  causes the suffering of coral reefs.

 

Anyway I would like to emphasize once again:

 

the relevance

 

of microorganisms in every ecosystem.

 

.



martedì 23 marzo 2021

Bioigegneria: l'ha già inventata la natura!!!

 

 Forse vale la pena di ricordare ancora una volta cosa sono i virus.

 Sono entità, non si possono definire organismi perché non sono in grado di riprodursi da soli, strutturalmente molto semplici costitute da un involucro proteico contenente una molecola di DNA o RNA.

 


Per potersi riprodurre aderiscono alle cellule bersaglio mediante le proteine esterne dell’involucro (recettori), quelle raffigurate come piccole ventose in tutte le coloratissime immagini del Sars-Cov2,
tra cui la proteina spike cioè la proteina
 che serve al virus per introdurre il suo DNA nelle cellule bersaglio, e iniettano nella cellula il loro genoma. Una volta dentro, il genoma virale si integra con quello cellulare, utilizza i meccanismi di replicazione del DNA, della trascrizione e traduzione della cellula ospite (suo malgrado!) e  in parole povere la costringono a riprodurlo.



 

Il nostro sars-cov2 al microscopio elettronico. Circa 60000x. IL virus non supera i 100 nm (nannometro = 1milionesimo di mm)


Così una particella virale, infettando una singola cellula, è in grado di produrre migliaia di discendenti.

Quello che mi ha sempre colpito nei miei studi è il fatto che tutto quello che inventa l’uomo in qualche modo lo ha già realizzato la natura. Infatti i virus, nella loro semplicità, sono dei veri e propri 

                                    bioingegneri 

che per risolvere i loro problemi modificano il DNA degli organismi proprio come gli scienziati che hanno prodotto gli OGM o cercano di curare le malattie genetiche.

 

Gli stessi vaccini che si stanno utilizzando contro il covid sono basati su tecniche di ingegneria genetica. 

Infatti non contengono il virus ucciso o attenuato ma modificano le cellule del sangue facendo loro produrre sostanze virali che attivano le cellule del  sistema immunitario a produrre anticorpi specifici.

 

 Il vaccino AstraZeneca è a vettore virale. Infatti sfrutta un altro virus, non dannoso ( un adenovirus derivato da uno scimpanzè), in cui è stato immesso solo il gene che  fornisce alle cellule del sangue le istruzioni necessarie per sintetizzare la proteina spike. Una volta prodotta, la proteina può stimolare una risposta immunitaria specifica contro di essa: se e quando il l’organismo venisse a contatto con il virus del covid  con le proteine spike esposte verrebbe subito respinto.

 




Il vaccino Pfyzer sfrutta invece un’altra tecnica, quella della biologia sintetica.

Infatti viene prodotto sinteticamente l’ RNA messaggero che trasmette l’istruzione per produrre la proteina Spike. Si tratta di una molecola piccola che, racchiusa in un piccolo lisosoma (vesciola di membrana lipidica),  viene facilmente assorbita nel citoplasma delle cellule del sangue. 





Le cellule saranno subito in grado di produrre la proteina Spike con conseguente attivazione del sistema immunitario che produrrà anticorpi contro di essa.

 

Non c’è quindi niente che faccia pensare a rischi di infezioni legati a questi vaccini che non utilizzano tecniche completamente nuove ma tecniche che già si stavano mettendo a punto per altri scopi: l’uso del vettore virale per la cura delle malattie ereditarie ,l‘RNA messaggero per la cura di tumori.

lunedì 18 maggio 2020

...LE AMEBE


Torniamo ai protisti.
Ho dedicato vari post ai ciliati di cui mi sono occupata direttamente nella mia attività di ricerca. Poi ho dedicato un post ai dinoflagellati ed uno ai foraminiferi. Si tratta in tutti i casi di protisti, quindi organismi unicellulari eucarioti, dalla forma ben definita di cui i generi, se non addirittura le specie, possono essere spesso identificate già con l’osservazione al microscopio ottico.

Diversa è la situazione delle AMEBE che sono invece protisti caratterizzati dalla variabilità della forma.
Quando la prima ameba fu osservata al microscopio venne chiamata “piccolo proteo” in ricordo di Proteo il dio greco multiforme.
Le amebe appartengono ai protisti Sarcodini rizopodi. Non hanno organi di movimento come ciglia o flagelli  e la loro membrana non è irrigidita da cuticole o altro. Si muovono emettendo dal corpo dei prolungamenti chiamati pseudopodi (alla lettera  falsi piedi). Se ricordate anche i Foraminiferi hanno pseudopodi, ma i loro sono lunghi, sottili, per poter uscire dai fori del guscio, spesso intrecciati e rafforzati da un assostilo interno. Per questo detti attinopodi). Gli pseudopodi delle amebe invece possono essere di varia forma e dimensioni, non hanno un rafforzamento interno (perciò rizopodi), vengono emessi e retratti da qualsiasi parte del corpo cellulare che quindi cambia continuamente forma. 


ameba 













 foraminifero                                                           



Protratti anteriormente gli pseudopodi aderiscono al substrato e trascinano in avanti tutta la cellula che procede così con il tipico movimento definito appunto ameboide.






Le amebe sono molto diffuse. Vivono in mare, in acqua dolce ed anche nei terreni umidi. Le loro dimensioni vanno da pochi micrometri fino a qualche millimetro. Possono essere nude” cioè prive di qualsiasi rivestimento o “tecate” cioè dotate di un guscio rigido di varia natura (calcio, silicio o anche agglomerati di materiali trovati nell’ambiente come granelli di sabbia, gusci di diatomee o altro). 




ameba tecata 


Le amebe sono eterotrofe e quindi, per vivere, devono mangiare. Non hanno un citostoma (bocca cellulare) o una qualche struttura per cibarsi in un posto fisso della cellula. 
Ma come fanno allora ad introdurre il cibo? 
Beh, gli pseudopodi servono anche per l’assunzione del cibo: si estendono a circondare  il possibile cibo e lo incamerano attraverso un processo di fagocitosi.


Ameba che ingloba un Paramecio (protista ciliato)



Si cibano di batteri, altri protisti ed anche detriti organici svolgendo così nell’ ambiente il ruolo di consumatori primari o secondari di piccole dimensioni che possono essere poi ingeriti da consumatori più grandi
Sono cioè parte integrante della catena alimentare.


Come altre caratteristiche che abbiamo descritto nei protisti, il movimento ameboide e la fagocitosi sono stati conservati, nel corso dell’evoluzione, in cellule specializzate di organismi pluricellulari, uomo compreso. Basta pensare ai macrofagi, cellule fagocitarie che svolgono un ruolo importante nel nostro sistema immunitario.

Ci sono anche amebe parassite, patogene ma quelle le lascio studiare agli esperti del settore.
Quelle che io posso dare sono informazioni sui protisti a vita libera. Non per niente ho tenuto per diversi anni il corso di Ecologia dei Protisti all’Università di Pisa.


lunedì 20 aprile 2020

and viruses?


Viruses are notorious, like a number of bacteria, as carriers of infectious diseases. Anyway while bacteria are sensible to antibiotics action, viruses are not.

Are viruses a different kind of microorganisms?

It is difficult to answer this question. Consider that in 2012 two different studies were published in the prestigious scientific journal “ Nature”. The first one entitled “Ten reasons to exclude viruses from the tree of life” and the second one entitled “Reasons to include viruses in the tree of life”

Even today viruses are thought of as being in a gray area between living and nonliving.

I can only give you some information.  They are generally smaller then every cell type ranging their size from 10- to 400 nm 
( millionths of a mm) and all are obligate intracellular parasites, Indeed viruses do not posses biochemical and biosynthetic structures for their replication.
All viruses contain nucleic acid, either DNA or RNA (but not both), and a protein coat, which encases the nucleic acid. 
Some viruses are also enclosed by an envelope of fat and protein molecules... 
The external coat contains special sites on its surface that allow the virus  to attach to a host cell, and provides proteins that enable the virus to penetrate the host cell membrane. 
Viral populations to grow use the machinery and metabolism of a host cell to produce multiple copies of themselves, and they assemble in the cell.....
So, when infected, the host cell is forced to rapidly produce thousands of identical copies of the original virus.
 Attachment is a specific binding between viral capsid proteins and specific receptors on the host cellular surface. This specificity determines the host range of a virus. ... This mechanism has evolved to favour those viruses that infect only cells in which they are capable of replication.
Unfortunately viruses are sometimes able to mutate and change their target cells.
   
Really in many cases nature is beyond imagining!!!

Indeed viruses behavior, whether they are living organisms or not, could give inspiration for science-fiction tales.

 Imagine, for example,  an alien intelligence  that, entering a body, makes maximum use of it up to its self-destruction.
 Or imagine an alternative program entering into the computer of a car factory forces the machinery to produce instead tanks?
Viruses act like this: Indeed we speak also  of computer viruses.

Digressions apart, why viruses are antibiotic-proof? Because antibiotics act deteriorating the bacterial metabolism but are ineffective on viruses because they  do not possess a their own metabolism!!

Only antibodies produced by the infected organism are able to counteract viruses: for this reason it is possible to recover from a viral disease, at present even from covid-19, without specific treatments (that there are not yet).
A vaccine is hoped for the latter new virus that, like all vaccines, could induce specific antibodies production from the target organisms allowing them to stop the virus entrance at the first contact.